„Nic, co by mohlo být jiným nepříjemné, mi nikdy nemohlo udělat radost; vždy jsem nalézal potěšení ve štěstí svých bližních.“
“Arcivévoda Ludvík Salvátor zemřel dnes v půl třetí odpoledne ve svém zámku v Brandýse nad Labem“. Takový byl text telegramu, kterým bylo jeho úmrtí oznámeno redakci Neue Freie Presse a který se spolu s nekrologem objevil ve vydání ze dne 13. října 1915.
Arcivévodovo zdraví bylo ohroženo již několik let. Po dlouhých obdobích pobytu v San Rocco poblíž Terstu a v Gorici, kde pracoval na jedné ze svých posledních knih, se musel na příkaz císaře vrátit do Brandýsa. Dne 13. května 1915 přicestoval v doprovodu celé své družiny na zámek, který zdědil po svém otci Leopoldu II. a ubytoval se v jeho východním křídle. Navzdory svým nemocným nohám podnikal dlouhé vycházky a pracoval na svém posledním díle o strážních a obranných věžích Mallorky, práci, která byla vydána až po jeho smrti v Praze v roce 1916. Jeho přítel a spolupracovník Erwin Hubert napsal ve své předmluvě k tomuto dílu: „Daleko od slunného pobřeží Mallorky autor dokončuje tuto práci, přičemž sedí u velkého okna svého zámku v Brandýse a sní o jižních krajích. Vidí odlétat hejna ptáků, čápů a vlaštovek, která se lehce vznášejí ke břehům, po kterých teskní. Severský podzim připadá starému cestovateli zvláštní, a on s údivem pozoruje, jak se příroda připravuje na dlouhý spánek, jak listy na stromech pomalu vadnou, zatím co mraky zahalují vrcholky hor a chladný sluneční svit posledních letních dnů bledne a ztrácí svůj zlatý třpyt. Když se první bouře zuřivě opřou do korun stromů a třesou jejich holými větvemi, přichází k němu kradmo smrt, milosrdná a ohleduplná, a bere mu péro z pracovité ruky - kniha je ukončena."
Drsný český podzim způsobil takové zhoršení zdravotního stavu tohoto „Mallorčana volbou“, že bylo nutné, aby se podrobil operaci, kterou provedl 10. října profesor Rudolf Jedlička, známý chirurg.
Podle informací tisku zemřel arcivévoda po několika dnech na následky zápalu plic „daleko od krajů, které si jeho duše vybrala za adoptivní vlast“. Zámecký kaplan, vikář Mattous, mu udělil poslední pomazání. Podrobnosti o jeho nemoci a příčině smrti se spolu s anatomicko-patologickou diagnózou nacházejí ve zprávě Prof. MUDr. Jaroslava Hlavy, zpracované kvůli balzamování arcivévodova těla. Podle těchto údajů došlo u arcivévody k rozedmě plic, způsobené věkem (došlo ke srůstu plic a pohrudnice). Nezemřel tedy na zápal plic. Došlo k rozšíření levé srdeční komory, způsobenému celkovou arteriosklerózou. Ucpání tepen, vedoucích do plic, ledvin a sleziny, způsobilo srdeční zástavu. Elefantiasis, kterou arcivévoda trpěl po mnoho let a která mu způsobovala dlouhá období utrpení, byla také příčinou otoků, které byly patrné na jeho těle.
U jeho úmrtního lože se sešli jeho hospodyně Evženie Čermáková, arcivévodův sekretář Antonio Vives se svou druhou manželkou a již výše zmíněný Erwin Hubert: „Smrt v tomto případě nepřišla ukončit vyhaslý život opotřebovaného člověka, připraveného na odchod na onen svět. Ukončila existenci člověka, který byl dosud produktivní a zachoval si přesný úsudek, člověka, který byl vždy nesobecky ve službách vědeckého bádání. Proto nám smutná zpráva, která k nám včera dorazila z brandýského zámku, působí dvojnásobnou bolest. Neztratili jsem totiž pouze vzácného muže, který byl přes své vysoké postavení vždy laskavý a ke každému upřímný, ale také vědce, který nám toho byl mohl ještě mnoho nabídnout. Jeho stálá a pravidelná činnost by mu byla přinesla ještě mnoho úspěchů.“
Brandýs vyvěsil smuteční vlajky na počest svého ochránce a dobrodince Ludvíka Salvátora. Profesor MUDr. Jaroslav Hlava přistoupil k balzamování arcivévodových ostatků. Tělo pak bylo oblečeno do uniformy plukovníka 58. pěšího regimentu a uloženo do kovové rakve. Katafalk s arcivévodovými ostatky byl vystaven v kapli prvního zámeckého patra na straně, obrácené k řece Labi.
Pražský arcibiskup, kardinál Lev baron Skrbenský z Hříště a staroboleslavský děkan Václav Karlach zde celebrovali mši a vykonali další pohřební obřady: „Tělo se nacházelo na katafalku v kovové rakvi se zlatými ozdobami, která byla oproti zvyku uzavřena. Pohřební kaple byla bohatě ozářena svíčkami. V čele rakve byl umístěn kříž lemovaný z obou stran anděly. V hlavě a nohou rakve, stejně jako po obou stranách katafalku, bylo umístěno několik vysokých svící, které vše zahalovaly do měkkého svitu. Před rakví ležely tři věnce se stuhami, poslední sbohem sekretáře arcivévody Vivese, kapitána jachty Nixe Calafata a správce panství Möllera. Při stěnách, ozdobených palmami a vavřínovými keři v květináčích se nacházely další věnce, věnované městy Terst a Brandýs, okresní správou v Brandýse, pokladníkem Veselým, lesním správcem Reinwartem, penzionovaným inspektorem lesní správy Čermákem a nakladatelstvím Heinrich Mercy syn z Prahy, které vydávalo arcivévodova díla.V zastoupení císaře se pohřebních slavností zúčastnil arcivévoda Petr Ferdinand Salvátor, druhý syn velkovévody Ferdinanda IV. se svou druhou manželkou Alicí Parmskou, v doprovodu svého bratrance Leopolda Salvátora, staršího syna arcivévody Karla Salvátora a jeho manželky Marie Immaculaty, princezny Bourbon – Sicilské. Ihned po identifikaci zemřelého byla rakev zapečetěna a vrchní komorník Ludvíka Salvátora, hrabě Coronini – Cronberg ji předal i s klíči správci zámku Dr. Möllerovi.
Arcivévoda byl převezen 11. března 1917 z Brandýsa do Vídně, nalezl poslední odpočinek v císařské hrobce u kapucínů, obvyklém místě pohřbu Habsburků.
Při stavebních úpravách Kapucínské hrobky v roce 1960 byly arcivévodovy ostatky vyzvednuty z černého zinkového sarkofágu a přeneseny do Ferdinandovy hrobky, kterou nechal v roce 1840 zřídit císař Ferdinand ve stylu pozdního biedermeieru architektem Johanem Hohnem (1802 - 1886). Ten také navrhl hrobku pro členy toskánského rodu. Ve Ferdinandově hrobce je pohřbena rovněž matka Ludvíka Salvátora Marie Antonie Bourbonsko - Sicilská a jeho dva bratři, Karel Salvátor a Ferdinand Salvátor.V současné době nám pouze jednoduchá náhrobní deska z bílého mramoru připomíná největšího badatele Středomoří. Na ní si můžeme přečíst tato prostá slova, napsaná zlatým písmem: „Ludvík Salvátor 1847 – 1915“.